Biotechnology Unit, Faculty of Pharmacy, October 6 University

النسخ

1 Biotechnology Unit, Faculty of Pharmacy, October 6 University حدة التقنية الحيية كلية الصيدلة جامعة 6 أكتبر

2 لكيهلا يرادلإا ةدحلل ذاتسلأا رتكدلا دمحم ديمع :ليحك ةيلكلا ةرتكدلا :ليمج انيل ريدم يرادا ةدحلل ةرتكدلا ءلا :فيرشلا ريدم يرادا ةدحلل :نسح مزاح رتكدلا ريدم ينف ةدحلل :ةيؤرلا حمطن نا نكن دحا زربا زكارملا ةيثحبلا ىلع يتسم نطلا يبرعلا كلذ نم للاخ لاصتلاا تاسسؤملاب زكارم ثحبلا يملعلا ةيلحملا ةيلدلا ةينعملا لاجمب ةينقتلا ةييحلا كلذ فدهب ريسيت لصات نيثحابلا هذهب تاسسؤملا قيمعت رصاأ ةدافتسلاا ةكرتشملا ةلدابتملا ةمهاسملا يف عض سسلأا ةيميظنتلا يتلا نم اهناش ريطت ثحبلا يملعلا عم تاسسؤملا تائيهلا.ةيميداكلاا :ةلاسرلا معد عيراشم ثحبلا ةيلمعلا ةيراجلا يف فلتخم تايلك ةعماجلا تاعماجلا ىرخلأا يف تلااجم ةينقتلا ةييحلا اهتاقيبطت ةيبطلا ةقلعتملا ناسنلإاب نايحلا تابنلا كلذ نم للاخ ميدقت تامدخ ةيملع ةرطتم كلذك معد ةيلمعلا ةيميلعتلا نم للاخ ميدقت تارد ةصصختم عيمجل قرفلا ةيبلاطلا ةفلتخملا نم لخاد ةعماجلا اهجراخ اضيأ نيثحابلل يف فلتخم زكارملا ةيثحبلا.ةفلتخملا 2

3 Unit management Prof. Dr. Mahmoud Kohail: Dean of Faculty of Pharmacy Dr. Lina Jameel: General Management Dr. Walaa Al-Sherif: General Management Dr. Hazem Hassan Badawy: Technical Management Vision: Cooperating with institutions, institutes and scientific research centers of local and international organizations in the field of biotechnology in order to facilitate communications of researchers, and deepen the band of mutual benefits. Contributing the development of the organizational foundations that will develop scientific research institutions and academic bodies and issues concerning the rights of individual property and bio-security and others in line with the national and international ethical rules. Mission: Support scientific research projects ongoing in various faculties of the university and other universities in the field of biotechnology and medical related applications either human, animals and plants. Support the educational process in the field of specialty center by helping to teach the various courses that prepare competent cadres of scientific research and development in the various facilities of the university and other universities. 3

4 التطير بحدة التقنية الحيية تم افتتاح حدة التقنية الحيية بكلية الصيدلة جامعة 6 أكتبر في 28 فبراير 204 بحضر السيد األستاذ الدكتر السيد عبدالخالق زير التعليم العالي البحث العملي سابقا السيد األستاذ الدكتر أحمد عطية رئيس جامعة 6 أكتبر سابقا السيد األستاذ الدكتر محمد أحمد كحيل عميد كلية الصيدلة جامعة 6 أكتبر. منذ ذلك القت انطلقت الحدة في مهامها من خالل تنظيم الدرات التدريبية رش العمل للطالب الخريجين اعضاء هيئات التدريس هيئات البحث بالجامعة خارجها. شملت هذه الدرات التدريبية رش العمل مضعات عديدة مختلفة في مجاالت البيلجيا الجزيئية التقنية الحيية كذلك المعلماتية الحيية. كذلك تقدم الحدة العن ألعضاء التدريس الباحثين الهيأت المعانة من خالل تفير معامل على أعلى مستى من التجهيز إلتمام مهامهم البحثية رسائل الدكتراه الماجستير. االن بمساعدة أدارة الجامعة الكلية يحرص أعضاء الحدة على ماكبة التطير من خالل تفير أحدث التقنيات األجهزة لتطير الحدة بصفة مستمرة دائمة لتصبح احدة من أفضل المراكز البحثية بمصر. 4

5 Biotechnology Unit Achievements: Biotechnology Unit, Faculty of Pharmacy, October 6 University had been launched at 28 th of October, 204 under patronage of Prof. Dr. Al-Sayed Abdul-Khalik, Former Minister of the Ministry of Higher Education and Scientific Research, Prof. Dr. Ahmed Atia Saada, President of October 6 University and Prof. Dr. Mahmoud Ahmed Kohail, Dean of Faculty of Pharmacy. Since that date, the unit began its activities through organizing trainings and workshops for students, faculty staff and graduates from October 6 University and other universities. These trainings and workshops are covering topics about different branches of Molecular Biology and Bioinformatics. Also, the unit is giving a hand for every faculty staff and assistants through providing equipment, facilities and devices to facilitate performing their research, masters and PhDs. Nowadays, there is contagious developments for the unit through new deals to bring new devices, equipment and improving facilities to be one of best research centers all over Egypt. 5

6 Biotechnology Unit Facilities and Instruments Autoclave Is a pressurized device designed to heat aqueous solutions above their boiling point at normal atmospheric pressure to achieve sterilization. يستخدم في عمليات التعقيم لجميع الزجاجيات البالستيكيات الماد الكيميائية المستخدمة Conventional & Real-time PCR machines The thermal cycler (also known as a thermocycler, PCR machine or DNA amplifier) is a laboratory apparatus most commonly used to amplify segments of DNA via the polymerase Vertical and Horizontal Gel Electrophoresis Apparatus Is used for separation of DNA, RNA and protein molecules. After separation, DNA can be visualized using ethidium bromide. يستخدم في عملية فصل االحماض النية البرتينات اعتمادا على كثافتها شحنتها يستخدم في عملية أجزاء مضاعفة chain reaction (PCR). من الحامض الني )الجين( Vortexers Is a simple device used commonly in laboratories to mix small vials of liquid. يستخدم لخلط المساعدة على تجانس الماد السائلة سيا 6

7 ELISA Reader Is an instrument which is used to detect biological, chemical or physical events of samples in microtiter plates. يستخدم للكشف األحداث البيلجية الكيميائية أ الفيزيائية في العينات عن Cooling Centrifuge Device that spins at a high speed to press objects outward with centrifugal force, it is used to separate macromolecules (DNA, RNA and Protein) from other surrounding components. الجهاز يدر بسرعة عالية العينات للخارج مع قة الطرد المركزي لفصلها على للضغط Gel Documentation System Gel Documentation Systems are designed for viewing DNA/RNA in agarose gels stained with ethidium bromide (EB) or other dyes. يستخدم لرؤية تثيق الحامض الني في جيل االجارز المصبغ بماد كيميائية محددة Spectrophotometer It is a device for measuring light intensity) that can measure intensity as a function of the color, or more specifically, the wavelength of light. It is used for the quantification of all biochemical and molecular parameters. جهاز لقياس شدة الضء يستخدم لتقدير جميع المعامالت البيكيميائية الجزيئية. 7

8 Fermentor A fermentor or fermentation chamber is a type of bioreactor for containing and controlling fermenter microorganisms غرفة التخمير ه نع من المفاعل الحيي الحتاء السيطرة متابعة نم الكائنات الدقيقة المتخمرة مع الحفاظ على ظرف مالئمة لنمها Olympus Microscope Is a microscope with its light source, useful for observing living cells or organisms at the bottom of a large container (a tissue culture flask) under more natural conditions than on a glass slide, as is the case with a conventional microscope. يستخدم في مراقبة الخاليا الحية أ الكائنات الحية في الجزء السفلي من عاء كبير )قاررة زراعة األنسجة( في ظل ظرف أكثر طبيعية من على شريحة زجاجية كما ه الحال مع المجهر التقليدي. Lypholizer Freeze-drying; technically known as lyophilisation, is a dehydration process typically used to preserve a perishable material or make the material more convenient for transport. التجفيف بالتجميد المعرفة تقنيا بالتجفيف هي عملية الجفاف التي تستخدم عادة للحفاظ على مادة قابلة للتلف أ جعل المادة أكثر مالءمة للنقل CO 2 Incubator Is used to culture cells to provide it with the optimum temperature, moisture (sterile environment) and to maintain optimum ph. When the media contains carbonate buffer, the CO 2 gas from the cylinder is let into the incubator in such a way that the ph remains constant. لنم الخاليا في ظرف مالئمة محدة )درجة يستخدم كحضانة حرارة-رطبة( ثابتة 8

9 Colony Counter Averaging facility calculates average count over multiple plates. Counting results as well as useful statistics including SD can be sent directly to the accessory printer or to a computer via a USB cable الخاليا رؤية في عدد يستخدم المجدة على supplied. االطباق بضح Shaking Incubator The programmable Innova 42 and 42R provide exceptional convenience allowing you to simultaneously shake and static incubate cultures under the same conditions. يستخدم كحضانة ثابتة ا اهتزازية لتسهيل نم الخاليا الباكتيرية الكائنات الدقيقة في ظرف مالئمة محدة Western Blotter Qualitative analysis of proteins is done through this efficient plasticized carbon device and with the help of Platinum/titanium electrodes. Transfer of proteins up to 50 kda are, thus possible. يستخدم في التحليل النعي للبرتينات من خالل هذا الجهاز الكربني مع جد أقطاب البالتين/ التيتانيم. Analytical balance Analytical balance is quick and easy to clean with its removable side-doors and stainless steel construction. This affordable balance has an easy to understand weighing display that is easy to read and ideal for efficient weighing in the lab. يستخدم في زن الكميات الدقيقة للماد الكيميائية يمتاز بسهلة القراءة مثالية كفاءة حساب الزن للكيمايات. 9

10 Biotechnology Unit Services We can afford almost of molecular and biotechnological techniques and facilities at well-designed biotechnology lab that help you to perform your experiments and researches as: Wet lab facility Genomic DNA Extraction Viral DNA Extraction RNA Extraction Viral RNA Extraction Micro RNA Extraction Conventional PCR IN-SILICO facility Experimental Design Primers and probes design Bioinformatics data analysis Statistical data analysis Real Time PCR SYBER Real Time PCR TAQMAN Restriction Digestion Reaction cdna Synthesis Reaction Sample Conc Estimation using Nano Drop Agarose Gel Electrophoresis SDS PAGE PCR Purification Gel Documentation Western Blotting Lyophilization DNA Sequencing ELISA 0

11 Current Workshops Workshops aim to support the researchers with basics techniques in different aspects in the biotechnology fields, through offering advanced scientific content and handling on these techniques. These workshops covering different fields as: Molecular Biology (3 day workshop) Theoretical Molecular difference between Prokaryotes and Eukaryotes Structure of DNA and RNA Replication, Repair and translation of DNA Types of post-transitional modifications Alternative Splicing and protein diversity DNA damage and mutation types Practical DNA extraction *Central Dogma *RNA extraction Agarose gel electrophoresis and estimation of DNA and RNA concentration DNA Recombinant Technology and Gene Cloning Enzymes in rdna technology: Restriction endonucleases (discovery, properties), DNA and RNA polyemerases, Nucleases, Kinases. Phosphatases, and Ligases. Prokaryotic and Eukaryotic vectors (plasmids, cosmids, phage, phagemid, BAC, YAC) Shuttle vectors, Targeting vectors, Expression vectors (insect, plant, mammalian cells) Construction of cdna and genomic DNA libraries Screening a library (+ve) & (-ve) selection strategies, Preparation of probes

12 Current Workshops Polymerase Chain Reaction (2 days) Theoretical Theory of PCR PCR primer designing Ligation mediated PCR PCR trouble shooting and limitations Practical *Applications of PCR *RACE technique *Site directed mutagenesis Preparation of dntps, primers and PCR reaction Quantification of PCR product, measuring concentration and gel electrophoresis Real time PCR and Gene Expression Detection (3 days) Theoretical Theory of Real-Time PCR (detection method, assay design, amplification plots, Cq, melting curves, efficiency, reference genes) Conventional PCR VS Real-Time PCR Applications of Real time PCR Study design (sample size calculation, experimental design) Different chemistries of Real-Time PCR Practical mrna synthesis and quantification cdna synthesis and quantification Performing Real-Time PCR reaction Real-Time PCR data analysis and trouble shooting 2

13 Current Workshops Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay (2 days) Theoretical Antigen- Antibody interactions Preparation of different types of antibody Types of ELISA *ELISA data analysis Practical Performing ELISA reaction for HCV and HBV. Fermentation Technology (5 days) Theoretical Overview of microbial fermentation Types of fermentors *Fermentor design Media formulations for fermentation processes Downstream processes for extracellular, intracellular (cytoplasmic) and periplasmic products and biomass production Optimization of fermentation process and product maximization Expression and facilitated purification of recombinant proteins Antibiotics: mode of action and resistance mechanisms Practical Demonstration of fermentor parts and Assembly and disassembly of bench top fermentor Preparation and sterilization of culture medium Upstream process and preparation of inoculums and inoculation process Process sampling and control Culture preservation Release and analysis of periplasmic proteins *Analysis of growth kinetics *Production and analysis of amylase enzyme Production and solvent extraction of antibiotics 3 Co-immobilization enzyme *Yogurt and cheese making

14 Current Workshops Bioinformatics Bioinformatics I (Gene Data Analysis) (3 days) Introduction to Bioinformatics and its applications Introduction to central dogma and gene assembly The Concept of Bioinformatics databases Starting from scratch, focusing on and discovering NCBI database Map viewer, Ref-seq and Displaying and downloading gene records Data retrieval and validation from Bioinformatics databases BLAST, different types of BLAST Pair-wise and Multiple sequence alignment Bioinformatics II (Protein Data Analysis) (3 days) Introduction to protein translation and synthesis Levels of protein structures and folding Introduction to protein databases Protein sequence retrieval form NCBI Conserved region identification BLAST and phylogenetic tree of neighboring proteins Multiple sequencing alignment; ClustalW and T-coffee Study 3D structure of target protein by Protein Data Bank (PDB) Protein characterization databases studying proteins family, motifs etc by Interpro, PRINTS, pfam, PROSITE and SMART Bioinformatics III (IN-SILICO PCR and Primer Design) (2 days) Retrieving and validation of target sequences using bioinformatics tools Theory and conditions of PCR primer design PCR primer design using Primer3 online tool PCR primer design using IDT online tool Detection the primer quality by primer blast 4

15 Biotechnology Unit Achievements (205/206) from 205 till 208 الدرة االلي Basics of Molecular Biology بالدرة اشترك 48 طبية علم لطالب تنظيمه )تم الطبية العلم كلية الصيدلة كلية من طالب 5 البيلجيا لمادة العملي الجانب ليكن الجزيئية( علي الطالب تقسيم تم حيث تم مجمعات الراثة علم اساسيات علي اشتملت ايام ثالث خالل مجمعة كل تدريب البيلجيا الجزيئية DNA تطبيقاتها العلمية استخالص الراثية المادة بعض عزل مختلفة انسجة من معمليا Agarose gel electrophoresis الجينات سالمتها عن الكشف تقييمها تقنية باستخدام PCR Nanodrop قياس تركيزاتها جهاز باستخدام تقنية استخدام ثم عدد بلغ لمضاعفتها. ساعات الدرة 20 ساعة الجانبين بين قسمت معتمدة النظري العملي. الدرة الثانية Introduction to Molecular Genetics النظري للجانب دراسته يتم لما مكملة لتكن الصيدلة بكلية الثانية الفرقة لطالب الدرة هذه نظمت اشترك حيث بها 430 طالب حيث تقسيم تم الطالب علي 2 كل تدريب تم مجمعة مجمعة علي عدد بإجمالي يمين ساعات 2 النظري الجانب بين تقسيمها تم معتمدة ساعة اشتملت حيث العملي اساسيات علي البيلجيا الجزيئية تركيب االحماض طرق النية استخراجها تقييمها معمليا تقنية باستخدام Agarose gel electrophoresis 5

16 Biotechnology Unit Achievements الدرة االلي (206/207) from 205 till 208 درة التحاليل الطبية المكثفة Microbial and Clinical Diagnosis تخريج صيادلة الي الدرة تهدف العمل بمجال الثيقة الصلة ذات الطبية التحاليل مجال في متمرسين 30 كالصيدلة االكلينيكية معامل خالل الدرة تنظيمه تم حيث العلمي البحث كذلك التحاليل ساعة 56 النظري الجانب بين معتمدة اشتراك تم العملي فرق صيدلة من طالب علي تقسيمهم تم المختلفة مجمعتين. المعامل داخل الجدة مراقبة طرق الطبية التحاليل مبادئ شرح علي الدرة اشتملت الخاليا اناع البل تحاليل شرح اختيار كيفية المزارع عمل طرق كذلك بها االمالح المضادات الحيبة لألعمار الكاملة الدم صرة تحاليل كذلك المختلفة الكلي الكبد ظائف الدم فصائل (RF) (ASOT) (CRP) الدهن السكر تحاليل االلتهابات الميكرب السبحي تحليل الرماتزم.C & B سرعة (ESR) الترسيب المختلفة السيلة تحاليل فيرسات البائي الكبد الدرة الثانية In- Vitro Simulation of DNA Replication (PCR) Basics of Molecular Biology لدرة امتداد الدرة هذه تعتبر الفرق طالب بها اشترك حيث عددهم بلغ الصيدلة كلية من الثالثة الي تقسيمهم تم طالب مجمعات. علي الدرة اشتملت PCR النظري بين تقسيمها تم معتمدة ساعات ال تقنية اساسيات شرح تم حيث العملي الجين تركيب Bioinformatics ال تصميم Primers برامج بتستخدام الجينات بعض عزل تم مضاعفتها Agarose gel electrophoresis جهاز باستخدام PCR استخدام الجينات عن للكشف المعزلة 6

17 Biotechnology Unit Achievements (206/207) from 205 till 208 الدرة الثالثة Basics and Applications of ELISA الدرات من الدرة هذه تعتبر الناحي لتغطية تنظيمها تم حيث تدرسيها يتم التي العلمية للماد المكملة 8 70 علي تقسيمهم تم الثالثة الثانية الفرق طالب من طالب بها اشترك فقد المناعة لكرس العلمية ELISA مجمعات 6 باقع تقنية استخدام علي شملت معتمدة لكل معتمدة ساعات البرتينات تقييم في الهرمنات المتعلقة باألنشطة الكيفي التقييم كذلك الغدد المناعية للفيرسات شرح علي فشملت ELISA Antigen Antibody اساسيات ELISA تطبيقات كيفية بين التفاعالت ال اناع كذلك المختلفة. الدرة الرابعة Basics of Molecular Diagnosis بالدرة اشترك 40 ليكن طبية علم لطالب تنظيمه )تم الطبية العلم كلية الصيدلة كلية من طالب 5 البيلجيا لمادة العملي الجانب الجزيئية( علي الطالب تقسيم تم حيث كل تدريب تم مجمعات الراثة علم اساسيات علي اشتملت ايام ثالث خالل مجمعة البيلجيا الجزيئية تطبيقاتها العلمية DNA استخالص الراثية المادة الجينات بعض عزل مختلفة انسجة من معمليا عن الكشف تقنيةelectrophoresis Agarose gel سالمتها تقييمها باستخدام قياس تركيزاتها باستخدام 30 PCR جهاز Nanodrop تقنية استخدام ثم الدرة ساعات عدد بلغ لمضاعفتها. معتمدة ساعة الجانبين بين قسمت النظري العملي 7

18 Biotechnology Unit Achievements (206/207) from 205 till 208 الدرة الخامسة Introduction to Molecular Biology and Biotechnology نظمت هذه الدرة لطالب الفرقة الثانية بكلية الصيدلة لتكن مكملة لما يتم دراسته للجانب النظري حيث اشترك بها 450 طالب حيث تم تقسيم الطالب علي 4 مجمعة تم تدريب كل مجمعة علي يمين بإجمالي عدد ساعات 0 ساعة معتمدة تم تقسيمها بين الجانب النظري العملي حيث اشتملت علي اساسيات البيلجيا الجزيئية تركيب االحماض النية طرق استخراجها معمليا تقييمها باستخدام تقنية Agarose gel electrophoresis الدرة السادسة Gene Cloning, From Theory to Bench تعتبر هذه الدرة احدي الدرات المميزة التي تنظمها حدة البيتكنلجي التصالها التام بالمجال التطبيقي االنتاجي حيث يستخدم االستنساخ الجيني في انتاج المركبات الحيية مثل االنزيمات البرتينات كذلك في المجاالت البيئية الزراعية مثل النباتات المعدلة راثيا. شملت الدرة علي متدرب من كلية الصيدلة كذلك عدد من اعضاء هيئة التدريس كما تشرفنا بحضر متدربين من جامعة المستقبل كلية الزراعة جامعة عين شمس ايضا متدرب من زارة الصحة بالعراق. تم تنظيم الدرة خالل 30 ساعة معتمدة تم من خاللها شرح اسس االستنساخ الجيني تطبيقاته علي الجانب العملي تم عزل المادة الراثية منها تم عزل بعض الجينات نقلها الي vectors ثم إدخالها ال Bacterial system إلنتاج المادة الحيية اشتمل الجانب العملي علي تصميم ال primers باستخدام برامج.Competent Cells كذلك طرق تحضير Bioinformatics 8

19 Biotechnology Unit Achievements (206/207) from 205 till 208 مشرع الفرقة الخامسة Pharmaceutical Biotechnology Classical and genetically Classification and Characterization of Bacterial Contamination on Valid and Expired Drugs and Cosmetics يهدف المشرع المنافسة علي قادرين طالب تخريج الي البحثي تم حيث العمل بمجال الميدانية 7 المشرع حدة بين بالتعان البيتكنلجي قسم الميكربيلجي طالب من طالب به اشترك 6 االدية بجمع خاللها قاما عمل فرق الي تقسيمهم تم حيث الخامسة الفرقة المختلفة المنتهية من Bacterial Strains الصالحية الصالحة لالستخدام بها ما فصل االساط علي المختلفة الغذائية Microscope نشاطها قياس البكتيري تركيزها اناعها تحديد ال باستخدام بعزل الطالب قام ثم DNA sequencing باستخدام 6S primers ال DNA بكتريا بكل الخاص مضاعفتها ثم استخدام برامج Bioinformatics البكتريا اناع لتحديد محلي مؤتمر في النهائية النتائج تقديم تم المعزلة مصر. خارج دلي اخر 9

20 Biotechnology Unit Achievements (207/208) from 205 till 208 الدرة االلي Introduction to Clinical Diagnosis تهدف الدرة الي ربط الجانب النظري العملي حيث تم تنظيم الدرة لتكن مكملة لما يتم دراسته بمقرر المناعة للفرقة الثالثة كذلك فتح مجاالت جديدة اما الطالب حيث تم تنظيمه الدرة خالل 2 ساعة معتمدة بين الجانب النظري العملي تم اشتراك 405 طالب من الفرقة الثالثة بكلية الصيدلة تم تقسيمهم علي 4 مجمعة. اشتملت الدرة علي شرح مبادئ التحاليل الطبية طرق مراقبة الجدة داخل المعامل شرح تحاليل البل اناع الخاليا االمالح بها كذلك تحاليل صرة الدم الكاملة فصائل الدم ظائف الكبد الكلي الدهن السكر فيرسات الكبد البائي C. & B تتعدد الكشف الكشف الدرة الثانية Disease Detection and Follow up of treatments using Real Time PCR استخدامات عن عن استخدامات فاعلية تقنية الماد االمراض في عديدة Real Time PCR الطبيعية المختلفة المجال مثل البيئي في المستخلصة االرام الزراعي. مجال الكيميائية االمراض البيتكنلجي العالج في السرطانية البيلجيا خالل من متابعة الجزيئية تأثيرها تقييم من الجيني العالج. خالل كذلك له ايضا تم اشتراك 2 طالب من كلية الصيدلة العلم الطبية طالب دراسات عليا من جامعة الطالب بعزل المادة الراثية RNA تحيلها الي cdna ثم قاما بتقييم التعبير الجيني باستخدام جهاز Real Time PCR طرق التحليل المختلفة للنتائج. بني سيف قام لبعض الجينات

21 Photos for Introduction to Molecular Genetics workshop 2

22 Photos for Introduction to Molecular Genetics workshop 22

23 Photos for Basics of Molecular Biology workshop 23

24 Photos for Graduation Project 24

25 Photos for Gene Cloning workshop 25

26 Photos for Microbial and Clinical Diagnosis workshop 26

27 Photos for ELISA workshop 27

28 Photos for PCR workshop 28

29 Photos for Introduction to Molecular Diagnosis workshop 29